Евгения Павловна прошла трудовой путь в Академии педагогических наук РСФСР от младшего научного сотрудника и аспиранта НИИ педагогики до ученого секретаря, заведующего сектором повышения квалификации руководящих педагогических кадров института образования взрослых.
С 1995 года Е.П. Тонконогая работает в СПбГУП: сначала профессором кафедры социально-культурных технологий, а с 1997 по 2008 год – заведующей кафедрой социальной работы. Евгения Павловна внесла значительный вклад в развитие общей и семейной педагогики в стране, разработала уникальные учебные курсы «Основы андрагогики», «Социальные инновации» и «Инновации в образовании». Являлась членом Методического совета Университета и членом Учебно-методического объединения вузов России по образованию. С 2011 года по 2024 год работала в должности профессора кафедры социальной психологии. С 1998 года - Почетный профессор СПбГУП.
Евгения Павловна – автор более 300 научных работ по вопросам общего среднего, высшего и постдипломного образования взрослых. Теоретические разработки Е.П. Тонконогой, положенные в основу ряда документов государственных органов, предопределили реформирование системы образования взрослых в России. По ее учебным пособиям и программам на протяжении многих лет осуществляются подготовка и переподготовка руководителей системы образования страны, а в последние годы и профессиональная подготовка специалистов социальной сферы. Под научным руководством Евгении Павловны подготовлены и защищены более 30 диссертаций.
За заслуги в области народного образования Е.П. Тонконогая награждена Почетными грамотами Министерства просвещения СССР, Белоруссии, Таджикистана, значком «Отличник народного просвещения», медалями К.Д. Ушинского, «Ветеран труда» и ВДНХ (Выставки достижений народного хозяйства СССР).